Рост интереса к природе в философии эпохи Возрождения нашёл выражение в новом расцвете Н., связанной с именами Дж. Бруно, Б. Телезио, Дж. Кампанеллы, Дж. Кардано, Парацельса, Ф. Патрици. Н. эпохи Возрождения развивалась на основе пантеизма и гилозоизма. Особенно широко использовался принцип тождества микро и макрокосмоса. Натурфилософия Возрождения выдвинула принцип целостного рассмотрения природы и ряд глубоких диалектических положений (например, учение о борьбе противоположных начал как источнике изменения), однако понимание природы в целом носило во многом фантастический характер, включая астрологические и алхимические представления. Страстное стремление к овладению силами природы породило увлечение магией, каббалистикой и пифагорейской мистикой чисел.

В 17-18 вв., в эпоху бурного прогресса механистического естествознания, когда возобладали аналитические методы и метафизический способ рассмотрения природы, Н. отступает на второй план. В немецкой классической философии Н. снова выдвигается в качестве одной из основных философских дисциплин, особенно у Ф. В. Шеллинга, пытавшегося на основе объективного идеализма обобщить достижения современного ему естествознания. Шеллинг выдвинул диалектические идеи о полярности как принципе дифференциации первоначального единства природы и о том, что высшие формы представляют собой как бы возведение в степень более низших. Шеллингову Н. развивали Л. Окен (Германия), Д. М. Велланский (Россия), а также некоторые естествоиспытатели (физик Х. К. Эрстед,геолог Х. Стеффенс, биологи Г. Тревиранус и Г. Карус, психолог Г. Шуберт и др.).

Маркс и Энгельс высоко оценивали значение "старой натурфилософии", однако показали её историческую ограниченность. Характеризуя Н., Энгельс писал, что она "... заменяла неизвестные еще ей действительные связи явлений идеальными, фантастическими связями и замещала недостающие факты вымыслами, пополняя действительные проблемы лишь в воображении. При этом ею были высказаны многие гениальные мысли ипредугаданы многие позднейшие открытия, но не мало также было наговорено и вздора. Иначе тогда и быть не могло. Теперь же, когда нам достаточно взглянуть на результаты изучения природы диалектически, то есть с точки зрения их собственной связи,... натурфилософии пришел конец" (Маркс К. и Энгельс Ф., Соч., 2 изд., т. 21, с. 304-05). Попытки возрождения Н. были предприняты в конце 19 - начале 20 вв. В. Оствальдом, Х. Дришем, Т. Липпсом и др., пытавшимися преодолеть с помощью Н. кризис новейшего естествознания. Элементы идеалистической Н. существуют в теории эмерджентной эволюции и в философии А. Уайтхеда.